הפקולטה לרפואה החלה את פעילותה בצפת בשנת 2011 והיוותה בשורה גדולה לפיתוח האקדמיה במרחב הגליל.
הפקולטה מציעה לימודי רפואה לתואר MD ולימודים לתארים מתקדמים במחקר רפואי - תואר שני MSc, תואר שלישי - PhD במדעי הרפואה ותואר משולב - MD-PhD.
לימודי הרפואה מתקיימים בשני מסלולים:
לאור הביקוש הרב לשני מסלולי הלימוד ולאור הסטנדרטים הגבוהים הנדרשים על ידי הנהלת הפקולטה, תהליך המיון והקבלה תובעני וקפדני. מדי שנה מתקבלים ללימודים 40-30 סטודנטים למסלול התלת- שנתי ו-70-60 סטודנטים למסלול הארבע-שנתי.
ההוראה הקלינית במסגרת הפקולטה מתבצעת בבתי החולים ברחבי הגליל - בית החולים ע"ש ברוך פדה בפוריה, בית החולים ע"ש רבקה זיו בצפת, בית החולים לגליל המערבי בנהריה, בית החולים הסקוטי (EMMS) בנצרת, בית החולים ע"ש המשפחה הקדושה (האיטלקי) בנצרת, בית החולים הפסיכיאטרי מזרע.
תארים שני (MSc) ושלישי (PhD) ותואר משולב ( MD-PhD )במדעי הרפואה: הלימודים מתקיימים בקמפוס הפקולטה, בצפת. עבודת המחקר נעשית במעבדות המחקר בפקולטה, או במעבדות המחקר בבתי החולים המסונפים בגליל.
תכנית הלימודים לתארים מתקדמים מורכבת מעבודת מחקר וקורסים. נושא המחקר של כל תלמיד נקבע בהתייעצות עם המנחה. הקו המנחה בפקולטה לרפואה של אוניברסיטת בר-אילן הוא מחקר תרגומי - Translational research.
כיווני המחקר הקיימים בפקולטה: ביו-כימיה, חקר הסרטן, ביו-אנרגטיקה, מטבוליזם, פרמקולוגיה מיקרוביולוגיה רפואית, וירולוגיה, גנטיקה, ביולוגיה חישובית (ביו-אינפורמטיקה), נוירו-ביולוגיה, אנטומיה, מורפולוגיה, ביולוגיה התפתחותית, אימונולוגיה, מיקרוביולוגיה, ביולוגיה מבנית, ביולוגיה של התא, בריאות הציבור, אתיקה רפואית.
בפרוס השנה החמישית להקמתה, לומדים בפקולטה 512 סטודנטים לרפואה ולמחקר.